建兴六年(公元316年),长安失守,晋愍帝司马邺被俘,全天下最有声望的藩王除司马睿之外再无他人。在群臣的“苦劝”之下,司马睿在第二年即位称“晋王”,改元建武,立长子司马绍为太子。两年后,太兴元年(公元318年),司马邺的死讯传来。司马睿终于称帝,传承晋朝,史称东晋。从最初只想避祸安居,到现在继承大统,人生的发展大大超乎了司马睿的意料。他这个平庸的小人物,居然实现了当初八王杀得血流成河都没实现的目标,而且还获得了众多士族的赞许和拥护。司马睿的欣喜之情可谓溢于言表。同样荣耀加身的,还有司马睿倚重的好友兼助手王导。王导可以说是司马睿政权的灵魂人物,渡江以来,大部分的政策措施都出自王导的建议。王导还致力于维护士族之间的团结,与各地士族结好,争取士族们对江东政权的支持。即便公务繁忙,他也会尽量抽时间参加士族的聚会,和他们一起饮酒、作诗、清谈。即使是遇到当时新潮的佛学,王导也能与僧人们高谈阔论。几乎所有的士人,都对王导有好的评价。有南渡的士人赞扬王导说:“向见管夷吾,无复忧矣。”士族们欣赏王导,对司马睿政权的支持便是水到渠成。

王导也以优异的才能深受司马睿的信任和重用。称帝之时,司马睿一度希望王导能与他同坐,接受百官的朝贺,但王导以皇帝尊贵为由拒绝了。称帝后,司马睿封赏百官,王导即进位骠骑大将军、仪同三司,封武冈侯。三年之后,又进位侍中、司空、假节、录尚书,领中书监,几乎与宰相无异。由于司马睿倚重并依赖王导,当时人称“王与马,共天下”。王导也被一些人暗中称作“仲父”。即便已是一人之下万人之上,王导也依然是认真处事,安守本分,努力维护东晋王朝的稳定。在司马睿和王导的努力之下,晋王朝在南方的土地上得到了延续。东晋王朝不仅据有江东地区,还向长江中游和岭南地区扩张,把这些地区也纳入了自己的版图,其疆域与三国时的吴国相当。而司马睿和王导宽和的政策,也促使南方地区的经济得到了发展,尤其是在江东,民户殷实,物产丰富,商业繁荣,与北方的战乱形成鲜明的对比。首都建康(晋愍帝司马邺即位时,为避名讳,改“建邺”为“建康”)也得到了扩建,高大的皇宫和城堡拔地而起,玄武湖到秦淮河遍布精美的园林和民居,定居的人口将近百万。建康城几乎可以与当年的洛阳相媲美。但建康与其他的首都有个不同之处,就是它的城墙不是石墙,而是木墙,城防主要依靠护城河和附近的堡垒。这是由于建康城独特的地形,它周围多山多湿地,不利于垒砌高大的石墙,而当时的工程技术也有限。